הוקמה במסגרת תיקוני חקיקה משנת 2006 בחוק המים ובחוק תאגידי מים וביוב, ואיגדה לתוכה את הסמכויות של כלל הגופים שעסקו עד כה בניהול משק המים והביוב במדינה, תוך ביטול מעמדם של גופים אלה.

במסגרת הרשות הממשלתית למים ולביוב פועלת מועצת הרשות, אשר בין יתר תפקידיה אחראית היא על קביעת תעריפי צריכת המים והשימוש בביוב, הסדרת הפקת המים במדינה, הסדרת אגרות והיטלים בקשר עם פיתוח תשתיות המים והביוב, קביעת אמות מידה לפעולת תאגידי המים והביוב- והכל בהתאם למדיניות המוכתבת ע"י הממשלה.

מנהל הרשות הממשלתית למים ולביוב אחראי על ביצוע תפקידי הרשות, כפי שאלו נקבעו ע"י מועצת הרשות.